Варианты решения:
1. Попробовать установить Service Pack 3 на SQL Server.
2. 1С: Предприятие -> Сервис -> Параметры -> Время ожидания захвата таблиц -> выставить на максимум.
3. Выгрузить в DBF. Выполнить длительную обработку. Загрузить в SQL.
4. Сделать обработку документов не одной транзакцией, а частями.